Выражение "ушки на макушке" означает быть внимательным, бдительным, сосредоточенным на какой-то проблеме.
В природе многие животные, лишь почуяв опасность, приподнимают свои ушки к макушке, прислушиваются к звукам, шорохам, оценивают ситуацию.
Точно так же и в мире человеческих отношений, проблем - бывают такие ситуации, когда нужно обязательно быть максимально бдительным, не пропускать никакие сигналы и знаки, чтобы принять верное решение.
У людей, естественно, нет такой способности шевелить ушами, но у нас есть возможность логически мыслить, анализировать, продумывать действия на несколько шагов вперед.
Также я несколько раз слышала это выражение в качестве ласкового обращения к ребенку, наряду с "бровки домиком, губки бантиком". Как так получилось, не совсем понятно.