Я думаю, нужно ориентироваться на рекомендации, данные в рецепте к блюду.
В моем понимании, почистить кальмар ( из магазина, а не только что из моря ) это значит: снять с него кожу, вынуть внутренности и хорду.
Что касается кожи, то на вкус блюда она практически не влияет, только на внешний вид. Гурманы-эстеты кожицу чистят, я не всегда. Если в блюде используются отварные кальмары, то я на минуту опускаю сырые кальмары в кипящую воду и остатки кожи потом просто смываю.
Если блюдо готовится из сырых кальмаров, например жульен, кожицу лучше очистить.
Внутренности я вынимаю всегда. Я не поклонник любых субпродуктов. Но это мое предпочтение. Как-то смотрела видео-рецепт приготовления какого-то блюда из кальмаров поваром-мужчиной, он даже внутренности не вынимал и подчеркивал, что блюдо мужское.
А вот хорду ( жесткую "пленку" внутри кальмара ) нужно вынуть в любом случае. Выплевывать ее, простите, во время наслаждения блюдом вряд ли кому понравится.