Микрофлора природных вод в значительной степени зависит от их происхождения. Различают воды: пресные поверхностные<span> – проточные (воды рек, ручьев) и стоячие (воды озер, прудов, водохранилищ); </span>подземные<span> – почвенные, грунтовые, артезианские; </span>атмосферные<span> – дождь, снег; </span>морские<span>. По характеру использования различают воду </span><span>питьевую </span><span>(она бывает централизованного водоснабжения и местного, при котором забор ведется из открытых водоемов или подземных источников), воду плавательных бассейнов, лёд хозяйственный. Особого внимания с санитарной точки зрения требуют </span>сточные воды<span>– хозяйственно-фекальные, промышленные, смешанные (хозяйственно-фекальные и промышленные), талые и ливневые, микрофлора которых загрязняет природные воды. С экологической точки зрения всю микрофлору водоемов можно разделить на две группы – автохтонную и аллохтонную.
</span>
Современная санитарная микробиология стремится использовать простые, точные и надежные методы. Эти методы направлены на определение общей микробной загрязненности, выявления СПМ и включают: прямой подсчет при микроскопировании микроорганизмов в объекте; методы выделения и идентификации микроорганизмов; биологические методы с использованием лабораторных животных.
Прямой подсчет применяют в экстренных случаях при необходимости срочного ответа о количественном содержании бактерий (например, при авариях в системе водоснабжения, при оценке эффективности работы очистных сооружений и др.). Основной недостаток– невозможность получить точный ответ из-за образования бактериями агломератов или прикрепления к частицам среды. Метод не позволяет отличать живые бактерии от погибших.