Оболочка современных пассажирских самолётов устроена таким образом, что проводит электричество, но не пропускает разряд внутрь пассажирского салона и кабины экипажа.
Корпус самолёта представляет собой сложною многослойную конструкцию (как пирожок из слоёного теста), и один из её элементов это металлическая экранирующая сетка, которая "укутывает" весь самолёт целиком.
Для автоматики, электроники и топливных баков есть мощная дополнительная защита. Перед тем как самолёт запускают в эксплуатацию, вся эта защита тщательным образом тестируется, в том числе проверки включает в себя симуляцию ударов молнии.
Фото выше, сделано сотрудником аэропорта в Исландии, на нём видно как молния попадает в нос самолёта и выходит (пробежав по корпусу, но не внутри него) через хвост и крыло. В том рейсе никто не пострадал, ни самолет ни пассажиры.
И бьют молнии в самолёты довольно часто.
П.С. Правда всё же стоит отметить, что "раз на раз не приходится" - недавнее трагическое происшествие с самолетом **Sukhoi Superjet 100 в Шереметьево** ещё не расследовано полностью, и удар молнии рассматривался как одна из причин катастрофы. Но лично мне это сомнительно. Была взята за основу эта версия лишь потому, что некоторые пассажиры видели некую вспышку которую приняли за молнию.