В охране растительного и животного мира, сохранении и возрождении находящихся на грани исчезновения отдельных видов животных и растений особое место занимают заповедники, заказники и народные парки. В республике действует экологический центр «Джейран», организовано 11 охраняемых природно-территориальных объектов. Общая площадь охраняемых земель составляет более 2 млн. га, в их числе 9 заповедников, из которых 3 расположены в горах, 3 – в пойме рек, 3 – в пустынной зоне. Это Чаткальский горно-лесной, остров Пайгамбар, Кызылкумский, Бадай-Тугай, Нуратинский, Зеравшанский, Гиссарский, Варданзийский, Кугитангский, Китабский заповедники. На территории этих заповедников проводятся биологические исследования.
Кроме заповедников, с целью сохранения и воссоздания отдельных видов, исчезающих животных и птиц создано около 10 заказников. Например, организованный в отрогах Чаткальской гряды Акбулакский заказник разместился на площади более 12,5 тыс. га. Здесь охраняются и создаются условия для естественного размножения таких животных, как тяньшанский белокоготный медведь, кабан, среднеазиатский козёл, барсук и т.д.
Заповедники Узбекистана:
Зааминский горно-арчовый. Создан в 1926 г. Площадь – 10,6 тыс. га. Расположен в северо-западной части Туркестанского хребта. Грецкий орех, арча (заравшанская, полушаровидная и туркестанская). Рысь, кабан, белокоготный медведь, красный сурок; орёл-бородач, кеклик, гималайский улар, чёрный аист.
Чаткальский горно-лесной. Создан в 1947 г. Площадь – 35,3 тыс. га. Расположен на западных склонах Чаткальского хребта. Арча, берёза, облепиха, фисташка, грецкий орех, каркас. Олень, кабан, белокоготный медведь, снежный барс, сурок Мензбира; белоголовый гриф, гималайский улар, чёрный гриф.
Кугитанский (Сурханский). Создан в 1960 г. Площадь 28 тыс. га. Расположен по берегам Амударьи и на склонах Кугитангтау. Тугайные растения. Бухарский олень (хангул), горный баран, кабан, барсук, камышовый кот; орёл, белый гриф, фазан туркестанский соловей; змеи.
Кызылкумский тугайно-пустынный. Создан в 1971 г. Площадь 3,9 тыс. га. Расположен на правом берегу Амударьи. Памятники природы. Тугайные и пустынные растения. Бухарский олень (хангул), кабан, джейран, камышовый кот, амударьинский фазан, амударьинский лжелопатонос.
Бадайтугайский. Создан в 1971 г. Площадь – 6,5 тыс. га. Расположен на правом берегу Амударьи. Тугайные растения. Бухарский олень (хангул), кабан, барсук, камышовый кот, ондатра; хивинский фазан.
Нуратинский горно-ореховый. Создан в 1975 г. Площадь – 22,5 тыс. га. Расположен на северных склонах Нуратинских гор. Грецкий орех, алыча. Горный баран, кабан, барсук; белоголовый гриф, орёл-бородач, кеклик, чёрный гриф.
Зеравшанский тугайный. Создан в 1975 г. Площадь – 2 тыс. га. Расположен в пойме реки Зеравшан. Тугайные растения, облепиха. Шакал, бобёр; фазан, сорока.
Гиссарский горно-арчовый. Создан в 1976 г. Площадь – 78 тыс. га. Расположен на западном склоне Гиссарского хребта. Арча, абрикос. Центрально-азиатская рысь, выдра, кабан, белокоготный медведь, снежный барс, красный сурок; белоголовый гриф, орёл, гималайский улар, бородач, чёрный гриф.
Китабский геологический. Создан в 1979 г. Площадь – 5,3 тыс. га. Расположен на юго-западных отрогах Гиссарского хребта. Природный ландшафт; окаменевшие остатки растений и животных; горные породы.