Попробуйте пропилить паз настольной болгаркой, установив туда тонкий абразивный круг.
Не совсем понимаю какой формы вам нужен паз. От этого может зависеть что лучше вам посоветовать. Ещё вариант прожечь чем-нибудь. При нагревании стекло становится гибким. Были даже такие химические опыты, когда над газовым огнём нагревали стеклянные палочки и их потом можно было согнуть. А вот как прожечь - тут нужно пробовать разные варианты. Можно попробовать паяльником или выжигательным аппаратом, но не уверен что получится. Можно попробовать подвесить над газом. Не слишком низко, чтобы стекло не треснуло, не коптилось, и нагревалось не мгновенно, и можно было его успевать время от времени охлаждать, убавляя газ (чтобы стекло не потекло). Когда стекло нагреется и станет чуть-чуть мягким, можно ножичком проковырять нужный паз.
Я сторонник напитков в стеклянной таре, так как стекло менее подвержено химическим реакциям с элементами жидкостей находящейся в нем!
В йодной настойке, кроме самого йода, содержатся также вода, этиловый спирт, йодид калия (он сильно повышает растворимость йода). Растворенный йод медленно реагирует со спиртом, при этом одном из продуктов может быть йодоформ CHI3. Причем на свету эта реакция сильно ускоряется. Поэтому йодную настойку хранят в склянках из темного стекла и рекомендуют держать ее в темноте.
Главная причина того, что при закрывании пробкой бутылка лопнула, могло быть ее чрезмерное наполнение. Дело в том, что жидкость, в отличие от воздуха, практически не сжимается, и если налить под самую пробку, то при введении пробки в бутылке резко повышается давление, скомпенсировать которое нечем, что и приводит к разрушению бутылки. Особенно, если она имела дефект в виде трещины, скола или истончения. Чтобы избежать такой неприятности, всегда надо оставлять достаточный свободный объем для воздуха.
В основном такие поделки в виде бутылок с отрезанным дном применяют вечером на даче и в своем доме - прикрывают свечу от задувания ветром на открытом воздухе. Свечка не гаснет, так как в открытом горлышке есть просвет, а сама бутылка тяжелая и не падает, да и пожаро безопасна.
Иногда делают даже люстры, патрон засовывают с проводом в разрезанную бутылку, а уж потом собирают всю конструкцию.
Такие "ночные фонарики" иногда расписывают, если бутылка была изначально прозрачной, или ищут из цветного стекла.
Но покупать ради этого спец машинку, по-моему лишняя трата денег. Умельцы уже давно режут такие бутылки крепкой промасленной ниткой: наматывают её в нужном месте и поджигают. Стекло нагреется только под ниткой и быстро опустив затем такую бутылку в ведро с ледяной водой, дно само отходит.
Ещё некоторые разбивают (или режут) такие цветные бутылки на кусочки и делают из них аппликацию на камне или каменной фигурке, края замазывая цементом или шпаклевкой, чтобы не порезаться. Получается на века.