Ну, взошел Годунов на престол в не самое спокойное время. После опричнины страна в упадке; наступил династический кризис после смерти последнего из Рюриковичей; массовый голод. Крайне нестабильно, это и есть вулкан.
Причины, почему Годунов не смог удержаться у власти:
1) Голод 1601-1603, кризис, упадок - во всем винят Годунова - незаконного царя. (Мол, раньше были законные Рюриковичи, и было круто. А Годунов - уже не от прежней династии, так что всё из-за плохого нового царя, божья кара настигла народ из-за этого)
2) Версия, что Годунов причастен к смерти царевича Дмитрия в Угличе (то есть он способствовал прерыванию династии).
3) Версия, что именно с подачи регента Годунова Федор Иванович ввел урочные лета в 1597, и в закрепощении повинен он.
4) Когда объявился Лжедмитрий, Годунов не воспринял его всерьез + он не знал, какой силой заручился Лжедмитрий (польская шляхта). Годунов вовремя не возглавил ополчение против самозванца.
5) Страдающий народ с верой в батюшку-царя отдал свои симпатии Лжедмитрию, так как надеялись, что с его воцарением всё станет как прежде и проблемы закончатся.