Оба варианта будут верными. Можно писать и "в отличии", и "в отличие", только каждый в определённом контексте.
Например: В отличие от Васи, Коля выполнил все домашние задания.
В данном случае пишем "е" в окончании, так как имеем противопоставление. Здесь "в отличие" является предлогом, а не самостоятельным словом.
Другой пример написания: Всё дело было в отличии их характеров.
В этом варианте на конце две "и",так как "отличие" здесь выступает в роли существительного с предлогом "в". Между ними можно поставить слово. Например, всё дело было в небольшом отличии их характеров.
Так что, если есть противопоставление (особенно с предлогом "от"), то пишем на конце с "е", а если сравнивать не с чем, или не с кем, то пишем "и".