Предположу, что под "самолётом-невидимкой" подразумевается небезызвестный американский тактический ударный самолёт F-117.
Если так, то ответ: нет, не может. F-117 был снят с вооружения в 2008 году и, таким образом, реальное боестолкновение F-117 и С-400 вряд ли когда-нибудь произойдёт...
Ну, а ежели порассуждать теоретически, в общих чертах, так ск., то позвольте напомнить, что в 1999 г. под Буджановцами сей "невидимый" F-117 был сбит югославскими зенитчиками, работавшими на ЗРК малого радиуса действия С-125 «Нева». Причём, югославы заявляли, что засекли "невидимку" аж за 50 км. и вели его вплоть до "точки рандеву". Для справки: ссылка и ссылка...
Логично предположить, что уж если старушка "Нева", принятая на вооружение в 1961 году, эффективно отработала по F-117, то куда как более новый С-400 сумеет по крайней мере не хуже. Даже с учётом того, что С-125 и С-400 всё-таки комплексы разного класса...
Впрочем, не будем уподобляться "диванным аналитикам" и откровенно признаем: исчерпывающий ответ на тему - "сможет - не сможет", можно получить только лишь после реального боевого применения по реальным целям в реальных боевых условиях.
Ну, а этого пока что не произошло. Будем надеяться, что и не произойдёт...