Стандартным поиском.
По нажатии комбинации клавиш Alt+F7, откроется окно поиска, где на вкладке "дополнительно" расширенные возможности поиска, где можно выбрать "Поиск дубликатов" (по имени, по размеру и по содержимому)
Закладка создается нажатием клавиш ctrl+D. Появится пустой список и два пункта меню: "Добавить текущий каталог" и "Настройка". В total commander переходите по пути что именно (какую папку или раздел) вы хотите добавить в закладки, нажимаете вышеназванное сочетание клавиш и выбираете (нажимаете) «Добавить текущий каталог» Выбранная закладка будет находиться выше пунктов «Добавить текущий каталог» и «Настройка». Как показывает практика, при наличии более 5-6 закладок ориентироваться становится сложно, так что много закладок не делайте. Пункт меню «Настройка» позволяет добавлять закладки по прямому пути (прописываете их самостоятельно), удалять закладки и создавать подменю.
Ткните в нужный файл правой клавишей мышки. В меню выберите "открыть с помощью" - "выбрать программу" и, поставив галку в чекбоксе (внизу слева) "использовать бла-бла" укажите какой программой вы хотите всегда открывать данный файл.
Подобный запрос может появиться при удалении папок и файлов, которые находятся под управлением и контролем операционной системы, которая может посчитать их удаление фатальным для ее стабильной работы. Поэтому в любом ОС в любом случае будет повторять запрос для всех папок и файлов при выборе "Удалить" или "Все", если у нее возникнут сомнения в правильности действий пользователя, если пользователь подтвердит свое решение, то ОС может выполнить действие пользователя, но может и отказать. Поэтому удаление ненужных файлов и папок стоит доверять ОС. В приведенном примере возникла именно такая ситуация, потому что пользователь пытается удалять файлы и папки, решение об удалении которых нужно обязательно согласовывать с ОС.
Там есть "тонкие" настройки, оперирующие в частности и с операциями копирования данных с диска на диск как в пределах одного физического носителя, так и разных носителей, как большой информации, так и малой, как с использованием стандартных средств Windows, так и собственных технологий. Все эти настройки визуально устанавливаются с помощью добавочной бесплатной программы TweakTC.exe (найти ее легко).