Раз сам Лопатин, то верно. :) Но попробуем разобраться, почему.
Имя существительное "музеефикация" (знаменующее, как известно, преобразование музеев до состояния их экскурсионной пригодности) - не совсем обычно по своему морфемному составу.
Необычно оно в том смысле, что давайте попробуем применить своего рода проверку подобием. Первое подобное по составу слово, которое пришло мне сейчас на ум - это "электрификация". Как правило, слово делят на такие составные: "-электр-" - это корень, "-ифик" - суффикс. Что дальше - посмотрите на картинке внизу. Онлайновского разбора музеефикации я не нашла. Но "-ифик-" - это как раз то, что нам нужно. Такой же суффикс мы найдём в "мистИФИКации" и других существительных. Их достаточно много.
Но слово "музеефикация" интересно тем, что при нанизывании суффиксов при его словообразовании не происходит никакого фонетического усечения корня "музей". То есть, фонетически (не транскибируя точно) получается вот что: "музей" - "эфик" - "аци" - "я". Остаётся выяснить, откуда Лопатин взял "эфик" (если по буквам - то "ефик") вместо более традиционного "ифик".
<hr />
Есть ведь и другие существительные с "-ификация", которые образованы без всяческого усечения корня. Например, "код-ификация", газ-ификация". Но у нас всё тот же "-ифик-" в наличии.
<hr />
Путём анализа некоторых авторитетных инверсионных словарей, я делаю вывод, что других "-ефикаций" в русском словаре просто нет.
Нам, большим любителям русского языка, прекрасно известно, что у нас есть суффиксоид "-ификация". Но с "и", а не с "е", естественно.
<hr />
Движемся тогда дальше.
Я прихожу к выводу, что "-ифик-" может быть и ни при чём. Есть группа существительных, которая образована по принципу слова "радио-фикация". Там совершенно никак не усечённый корень. Ни графически, ни фонетически. "Радио" осталось "радио". А правее следует суффикс "-фик-".
Поскольку "музей-фикация" (дефис у меня чисто технический) выглядело бы совсем уж необычно, концовочное "й" и начальное известного нам суффиксоида "и" соединилось в более нейтральное "Е" — "музеЕфикация". Соединилось, превратив это слово в исключение.
Так почему же более нейтральным Лопатин признал "Е", а не "И"? Я думаю, потому что при "и" получилось бы "музеи-фикация" (дефис снова технический), что невольно давало бы нам ассоциацию с множественным числом слова "музей". Именно этого и решили избежать, "смазав" границу корня и суффиксоида.
<hr />