Я бы сказал что домен тут играет второстепенную роль. Если только домен чем-нибудь запачкал свою репутацию, то вероятно образованные от него домены третьего уровня тоже могут быть под подозрением поисковиков.
Я бы сказал что большее значение имеет код сайта и стабильность хостинга.
Если код перенасыщен различными защитами и редиректами, он может быть труден для сканирования поисковиками или может вообще быть ими непонятым. А если нестабильный хостинг, то страницы могут плохо индексироваться или вылетать из поиска.
Насколько я знаю, Юкоз нормально индексируется, но там на бесплатном аккаунте возникает большой баннер Richmedia на весь экран на сколько-то секунд, что отпугивает посетителей (надо ждать завершения таймера баннера).
На странице <meta name="robots" content="noindex, nofollow" />
в robots.txt Disallow: страница.
Быстрый робот Яндекса был совместно разработан калифорнийскими и московскими подразделениями.
Он одновременно работает с основным Яндексом и предназначен для оперативного обнаружения и индексации актуальных страниц.
В целом положительно, если эти внутренние ссылки выглядят естественно и органично вытекают из содержания ответа.
Но тут, как и везде, важно чувство меры.
Это вы еще по ходу с Яндексом не сталкивались. А вообще скорость индексации зависит от наличия ссылок на вашу статью. Ставьте на статью ссылку с главной, твитнети ссылочку на свою статью,в G+ обязательно оставьте ссылочку.
В общем скорее всего у вас мало внешних ссылок.
Еще одной причиной может быть нерегулярность пополнения сайта новым материалом.