Вот если бы в тегах Вы ещё написали операционную систему, в которой работаете... Хорошо, предположим, что у Вас Windows.
Этап первый. Скачиваете с официального сайта программу USB Disk Security (с версии 6.3.0 она бесплатна) и устанавливаете её. Эта антивирусная утилита не пустит на Вашу машину ни одного вражеского гада, работает тихо, не мешает, свои обязанности выполняет на пять.
Этап второй. Идёте на сайт Microsoft и загружаете штатный антивирус Microsoft Security Essentials, он тоже бесплатен и ловит всё, что за большие деньги ловят прославленные коммерческие антивирусы.
Я допускаю, что в силу определённых причин установить Microsoft Security Essentials не представляется возможным, в этом случае скачайте и установите «Avast! Free Antivirus», зарегистрировав его на этой странице.
Далее следует перейти в Панель управления >> Все элементы управления >> Параметры папок.
В открывшемся апплете «Параметры папок» перейдите во вкладку «Вид» и выставьте галочки так, как показано на рисунке.
Это позволит нам увидеть настоящую картину происходящего на флешке, да и о своей машине иметь представление тоже не повредит. Если на флешке сохранились файлы - попробуйте скопировать их на свою машину. Антивирус на лету попробует пролечить заражённые и велика вероятность того, что что-то удастся спасти. Если файлы затёрты вирусом ранее - что ж, придётся с этим смириться. В любом случае отформатируйте флешку после того, как закончите операцию по спасению данных.
Все мероприятия здесь я расписал с тем, чтобы обезопасить ВАШУ машину и попытаться хоть как-то спасти положение. Что касается заражённых машин на работе - не соглашайтесь на ужин с Вашим админом, раз вверенные ему компьютеры в таком состоянии, он Вам не пара.