Если родители не расписаны, то фамилия ребенка однозначно будет по матери. Отчество и имя, какое скажет мать. Если вы хотите, чтобы у ребенка была фамилия отца и сам отец непротив этого, то прямо в ЗАГСе устанавливается отцовство, после чего у вас на руках появляется лишняя "бумажка"- это свидетельство об установлении отцовства и переписывается свидетельство о рождении уже с фамилией отца. Процедура простая и быстрая, буквально 20-30 минут, зависит только от скорости работы работника ЗАГСа.
Ничего страшного в этом нет, но по мере взросления ребёнка, от него может поступить просьба прокомментировать данную "бумажку", дабы понять, что она значит. Но после адекватного объяснения она опять отправляется на длительное хранение в семейный документальный архив и может понадобиться лишь при устройстве ребенка на госслужбу, где будут подняты факты смены его фамилии и нужно причины подтверждать документально.
Более, она врядли где-то и когда-то понадобиться.
Но, если отец не желает признавать ребенка и не хочет, чтобы он носил его фамилию, то установление отцовства возможно только через суд, а это более длительная процедура, но итог будет один. У ребенка будет фамилия отца, как бы он этому не противился. Если, конечно, судом будет доказано его отцовство.