Надо бы еще уточнить, откуда и куда едете)
В целом же, самолет -- оптимальный вариант.
Скоростной, международные аэропорты (куда летают из России) есть в Праге, Карловых Варах, Пардубице. Ценник можно выгадать около 8000 рублей туда/обратно при раннем бронировании у Czech Airlines и у наших операторов.
Поезд, автобус -- это неадекватные затраты времени. Один раз -- можно. Посмотреть на бесконечные просторы Белоруссии и Польши.. Второй раз лучше уже выбрать самолет.
Выгода у последних двух лишь в цене.
Удобство, комфорт и время в пути за самолетом (2-2,5 часа в пути).
Также можно купить недорогой тур в Прагу с чартерным рейсом и трансфером, может выйти с проживанием даже дешевле, чем лететь самостоятельно.
На машине -- да, это вариант, если вы хотите посмотреть страны и города по пути, если это ваша цель наравне с посещением Чехии, если вы готовы нести ответственность сами за себя в поездке и не спешите попасть их точки A в точку b напрямую и быстро.