В шапке протокола:
Протокол разногласий к договору №... от ....
г..... дата.....
Заказчик.... (названия сторон в соответствии с договором: может быть "продавец", "покупатель")
Подрядчик....
Далее составляется таблица из 2-х столбцов:
Название 1-го столбца-"Редакция Заказчика", 2-го столбца -"Редакция Подрядчика"
В самих столбцах пишете "Раздел..., пункт..." и текст пункта договора, с которым вы не согласны. Рядом, в другом столбце пишете "Раздел..., пункт... изложить в следующей редакции:" и текст, который вы предлагаете.
Если нужно исключить какой-то пункт, то тогда в одном столбце будет текст этого пункта, а в другом - "Пункт... исключить".
Если нужно добавить какой-то пункт, то тогда в одном столбце будет "Раздел... пункт... в тексте договора отсутствует", а в другом столбце - "Раздел... дополнить пунктом... следующего содержания" и идет текст добавляемого пункта.
Под таблицей пишется "Настоящий протокол разногласий составлен в 2 (двух) экземплярах, по одному для каждой из сторон и является неотъемлемой частью договора".
Далее идут подписи сторон и печати.