Определенная разница есть.
Например, в аромате.
Что такое молотый кофе: размолотые прожаренные зерна, где большая часть запаха, естественно, остается внутри твердой структуры и извлекается при заваривании, но, естественно, не вся. Также, аромату способствует осадок кофе, т.е. сами обожженные зерна, а не кофе, как таковой.
Что такое растворимый кофе: это продукт экстракции, когда прожаренные и дробленые зерна промывают водой, потом сушат в противотоке воздуха, в результате чего получается полностью растворимый порошок, естественно, потерявший часть запаха, но сохранивший все остальные свойства раствора кофе (кофеин, вкус и т.д.)
Т.е. разница есть, но небольшая.
Если, конечно, не добавлять ароматизаторы, не извлекать кофеин или не пережигать зерна кофе :)