Слово Начальник отвечает на вопрос Что? и оказывается существительным мужского рода, которое обладает нулевым окончанием: Начальник-Начальника-Начальнику-Начальника-Начальником-Начальнике.
Слово Начальственный оказывается прилагательным, у которого выделим окончание -ЫЙ: Начальственный-Начальственное-Начальственная.
Слово Начальство будет еще одним существительным, на этот раз среднего рода, которое имеет окончание -О: Начальство-Начальства-Начальству-Начальство-Начальством-Начальстве.
Однокоренными словами оказываются: Начальник-Начальство-Начальственный-Начало.
Следовательно корнем всех трех слов будет морфема НАЧАЛЬ-.
Далее выделим в составе слов суффикс существительного -НИК-, суффикс существительного -СТВ-, суффикс прилагательного -ЕНН-.
Получаем:
НАЧАЛЬ-НИК_ (корень-суффикс -нулевое окончание), основа слова НАЧАЛЬНИК.
НАЧАЛЬ-СТВ-О (корень-суффикс-окончание), основа слова НАЧАЛЬСТВ-.
НАЧАЛЬ-СТВ-ЕНН-ЫЙ (корень-суффикс-суффикс-окончание), основа слова: НАЧАЛЬСТВЕНН-.