Зависит от того, для каких целей он Вам.
У Вебмани есть свои сложности с аттестацией и приличная комиссия, но большинство сайтов и банков поддерживают WM. Это удобно, если вы собираетесь зарабатывать деньги в интернете, делать покупки в интернете, т.к. WM принимают и наши сайты, и зарубежные.
QIWI ограничен возможностями в интернете, да и с выводом денег там тоже сложности приличные. QIWI стоит заводить, если вы будете больше расплачиваться за покупки только в российских реальных магазинах.
Можно завести оба кошелька. Как у меня. Но QIWI я пользуюсь редко очень: только на одном сайте, который не поддерживает WebMoney (и такие есть, да). Сейчас у меня WM занимает 90 процентов оборота средств.
Вывод. Я советую WebMoney. Так как в нём есть всё то, что и в QIWI и даже больше.