Внаслідок укладення унії те православне духовенство, яке визнало її рішення, було зрівняне в правах з католицьким, звільнялося від сплати податків та виконання інших повинностей. Єпископам були обіцяні місця у сенаті Речі Посполитої, але ця обіцянка не була виконана урядом. Шляхта та міщани, що прийняли унію, також урівнювались у правах з католиками латинського обряду і одержали право займати посади у державних та міських урядах Речі Посполитої.
Одразу ж після Берестейського собору з восьми єпархій Київської митрополії унію прийняли шість: Київська, Володимир-Волинська, Турово-Пінська, Луцька, Холмська та Полоцька. Перемишльська та Львівська єпархії прийняли її згодом – відповідно у 1692 та 1700 рр. У результаті Берестейської унії митрополит М. Рогоза, який перейшов був на її боці, оголосив Київську митрополію унійною. З 1596 до 1620-х рр. (офіційно до 1633 р.) у Києві існувала лише уніатська митрополія.
<span>У силу протиріч, від початку закладених при підготовці і укладенні унії 1596 р., вона не знайшла широкої підтримки в українському суспільстві. Одразу ж після Берестейської унії почалося протистояння між її прихильниками і противниками. Крім духовенства і братств, до боротьби долучилося козацтво. Церква поділилася на два табори: ієрархія, частина духівництва, частина шляхти й міщанства прийняли унію.</span><span>Польський уряд не виконав своїх обіцянок уніатам і не зрівняв у правах їх духівництва з римо-католицьким, бо поляки-католики, крім короля, майже не співчували унії, яка перешкоджала подальшій латинізації і полонізації українців.
</span><span>У 1629 р. в Києві скликано церковний собор з метою примирити прихильників православної і уніатської (греко-католицької) церков в Україні. Представником короля Сиґізмунда III Вази на ньому був православний маґнат Адам Кисіль, відомий як захисник православної віри, що підтримував контакти і з кліром греко-католицької церкви. У січні 1633 р. польським сеймом затверджено державно-політичний акт, виданий королем Владиславом IV Вазою, що узаконював існування православної церкви в Україні.
</span><span>На провінційних сеймиках в Україні обговорювалося питання про необхідність повернення православним віруючим їхніх прав та власності, яких вони були позбавлені після укладення Берестейської унії. Так, на сеймику в Прилуках запорозькі козаки склали для своїх делегатів інструкцію, в якій вимагали позитивного вирішення на сеймі питання про відновлення прав православної церкви.
</span><span>Утиски щодо православної церкви стали однією з причин козацьких повстань аж до їх переростання у війну під проводом Б. Хмельницького. Натомість православ’я стало їх ідеологічним забарвленням. Тим не менше, релігійне протистояння після Берестейської унії не лише розколювало українське суспільство, а й пожвавило культурно-національний рух, інтелектуальне життя, книгодрукування тощо. Незважаючи на певний опір православних кіл, зокрема деяких православних маґнатів, шляхти, братств і козацтва, до 1623 р. понад 1,8 млн. українців і білорусів прийняло церковну унію.</span>