Слово запах в значении "аромат" образовано от глагола "пахнуть" с помощью приставки и нулевого суффикса, так как от глагола при словообразовании отсечены его суффиксы, и в результате произошла смена части речи: глагол - существительное.
В таком случае словообразовательной морфемой является нулевой суффикс, как и в словах:
отдыхать - отдых/нулевой суффикс/нулевое окончание;
обменять - обмен/нулевой суффикс/нулевое окончание;
разрывать - разрыв /нулевой суффикс/нулевое окончание.
Слово "запах" изменяемое. Значит, в его составе есть еще одна морфема-"невидимка" - нулевое окончание(запах-а, запах-у, запах-ом).
Чтобы правильно определить границы корня этого существительного, вспомним родственные слова: пахнуть, пахучий, пахучесть. Поэтому в качестве корня вычленим часть пах-, а морфема за- является приставкой.
В результате в слове "запах" вместо видимых двух морфем на самом деле насчитаем целых четыре:
за-пах- нулевой суффикс - нулевое окончание - приставка/корень/суффикс/окончание.