С чего бы им быть русскими? Они из Св. Писания пришли, а там о русских - ни слова, вот незадача-то! Сплошные евреи, арамеи, филистимляне, египтяне, римляне, ещё кто-то, и ни одного славянина не нашлось.
Имена Иван и Марья хоть и являются по происхождению еврейскими именами, попали в древнерусский язык через греческий, а уже потом на месте прибытия подверглись дальнейшим фонетическим изменениям, особенно имя Иван, так что от первоначального варианта там почти ничего и не осталось кроме звука [н]. Имени Марья "повезло" больше - в нём сохранилось 3 звука от исходного "Мириам".
Так что в том виде, в каком Вы их назвали, имена Иван и Марья являются исконно русскими, ибо в других языках они звучат иначе.