Приставка ПРОТО- в нашем языке – иностранка. Прибыла к нам эта заморская гостья из языка греческого, хотя корни её, как утверждают словари этимологические, в языке праиндоевропейском. Прибыла и поначалу энергично взялась совместно с другими приставками (как отечественными, так и иноязычными) за словообразовательные дела, активно пополняя прежде всего общее количество имён существительных. Позже активность сей морфемы поугасла, а потому не так уж много слов она успела произвести на свет, став приставкой непродуктивной. Вместе с тем она внесла своим присутствием дополнительные лексические значения, которые имела, в образованные с её помощью лексемы.
Что это за значения? Греческая лексема πρώτος (protos) на русский переводится как «первый, главный». Отсюда и три основных значения приставки ПРОТО-. Викисловарь последние два значения объединяет, но, на мой взгляд, между ними настолько существенная разница, что их следует разделить. Это я и сделала.
Итак, морфема ПРОТО- образует от существительных другие существительные:
1) со значениями первоначальности, истоков того, что названо существительным производящим, например,
- алфавит => протоалфави́т (система письма, породившая все алфавиты мира);
- звезда => протозвезда́ (плотное вещество, сконцентрировавшееся газово-пылевое облако, зачаток звезды);
- история => протоисто́рия (самый древний – доисторический – период жизни человечества);
- текст => прототе́кст (прото́граф) – исходный текст, давший начало нескольким более поздним текстам;
- тип => прототи́п (и прообраз литературного персонажа – наиболее известное значение слова; и первоначальная версия какого-либо нового продукта; и объект для создания клонов);
- тюрки => прототю́рки (древние племена, родоначальники тюркских племён).
В данном значении приставка ПРОТО- синонимична приставке ПРА-. Есть, например, слова:
- праалфавит;
- праистория;
- пратюрки.
2) наименования церковных должностей, имеющих значение старшинства (ПРОТО- = старший, главный):
- дьякон / диакон => протодья́кон / протодиа́кон (дьякон, помощник священника, высшего чина, старший дьякон);
- иерей => протоиере́й (иерей, то есть священник, высшего чина; старший иерей);
- поп => протопо́п (= протоиерей).
3) наименования лиц по высшей степени качества, ими проявляемого и названного производящей лексемой (ПРОТО- = в высшей степени; самый большой из подобных; первый, лучший из подобных):
- бестия (человек хитрый, пройдоха) => протобе́стия (в высшей степени хитрый и пронырливый индивид, пройдоха высшей пробы);
- каналья (пройдоха, мошенник, плут) => протокана́лья (первй, лучший из мошенников, плут в высшей степени);
- плут => протоплу́т и Протоплут (персонаж).
Но список лексем с приставкой ПРОТО- не ограничивается порождёнными ею существительными: словообразовательная цепочка в некоторых случаях была продолжена прилагательными, образованными посредством суффиксов от существительных с этой приставкой:
- звезда => протозвезда => протозвёздный;
- история => протоистория => протоисторический;
- плазма => протоплазма => протоплазменный, протоплазматический;
- плут => протоплут => протоплутовской;
- тюрок => прототюрок => прототюркский;
- иерей => протоиерей => протоиерейский.
Добавлю: в словарях Орфографическом (РАН), Морфемно-орфографическом (udarenieru.ru), Вики ПРОТО- рассматривается как словообразующая морфема – префикс (приставка); составители же словаря Большого толкового называют ПРОТО- первой частью сложных слов, что, на мой взгляд, не имеет никаких оснований.