Значения слов "отверстие" и "дырка" различаются.
Как правило, отверстие - это аккуратная дырка, целенаправленно проделанная с помощью определенной технологии и инструментов. А дырка - это спонтанно образовавшееся отверстие, с неровными краями.
Вот даже при определении одного слова используется другое. В некоторых случаях эти понятия могут быть синонимами. Это может зависеть от контекста, эмоциональной окраски и стиля изложения. Например, можно сказать "дырка от пули", а можно - "пулевое отверстие".
Есть и чисто специфические термины. Например, в физике: дырка - это в полупроводниках (в p-n-переходах) носитель положительного заряда; место, оставшееся от "перепрыгнувшего" электрона.